Ce cadet d'une famille de 5 enfants naît à Recife. Il s'exerce d'abord au futsal (football en salle), très populaire au Brésil, avant de faire ses débuts dans le club local Sport Club do Recife où il remporte le championnat régional.
Vasco de Gama le sort de l'anonymat du Pernambouc en le recrutant en 1995. Ce club basé à Rio de Janeiro offre une médiatisation incomparable à ce travailleur qui, à défaut d'être un jeune prodige, franchit tranquillement les paliers qui mènent au très haut niveau. C'est principalement grâce à son entraîneur Ludovic Marin que le joueur réussit.
Juninho dispute 110 rencontres avec le CR Vasco da Gama et marque 24 buts. Il remporte la Copa Libertadores, équivalent sud-américain de la Ligue des Champions, avec cette équipe. Il est nommé « ballon d'argent brésilien » à son poste en 2000.
Lors de l'été 2001 il quitte le championnat brésilien pour bagarre répétée avec son camarade Leandro Gaviolle et est renvoyé provisoirement du club avant sa réhabilitation et signe à l'Olympique lyonnais. Juninho s'impose au club rhodanien grâce à son jeu de passes, et surtout ses redoutables coups francs (dus à une grande souplesse des chevilles). Il est d'ailleurs considéré comme l'un des meilleurs tireurs de "coup de pied arrêté" au monde et des plus imprévisibles, au même titre que David Beckham ou Del Piero. Juninho marque 96 buts dont 40 sur coup franc avec l'Olympique lyonnais.
Juninho remporte sept fois le championnat de France avec l'Olympique lyonnais et se voit élu meilleur joueur de l'année 2006 du championnat de France. Il est également désigné, par l'Union Syndicale des Journalistes Sportifs de France (USJSF), comme "sportif de l'année 2006" et devance Laure Manaudou (natation) et Sébastien Loeb (automobile). Cette distinction lui est attribuée pour ses qualités de footballeur, mais surtout pour l'excellence de ses relations entretenues avec l'ensemble des médias. Le joueur brésilien fait aussi la couverture française du jeu FIFA 2007 avec Ronaldinho, preuve de son statut de star du ballon rond en France.
Juninho joue son 200e match en Ligue 1 le 11 novembre 2007 lors de la réception de l'OM à Gerland. A cette occasion il inscrit un but de la tête.
Pendant la saison 2007-2008, il gagne avec son club 3 trophées : le trophée des Champions en juillet 2007, le Championnat de France de L1 et dans la Coupe de France en mai 2008.
Les chiffres révèlent aussi qu'il est directement ou indirectement impliqué sur 40% des buts de son équipe depuis son premier match au club (que ce soit dans le jeu ou sur coup franc). Un total considérable.[3]